尽管申时行深受万历帝的信任，又身居首辅之位，但他远不能达到张居正的影响，这从近来明廷两件事就能看出端倪。

　　张四维之父去世，他只得回家守丧。在其离开后不久，内阁中的其他两人吕调阳和马自强也相继病死，随后新进余有丁、许国、王锡爵和王家屏四人，申时行自然成了资历最老的一位阁臣。

　　许国、王锡爵的里籍与申时行都属南直隶，算是同乡，三人关系极为密切。而王锡爵在嘉靖四十一年（1562年）与申时行同榜登科，还有这样一层情分。

　　王锡爵能入阁得到了御史李植等人的力荐，他曾反对张居正“夺情”，因此有些名望。李植等人与申时行不合，推荐王锡爵入阁，原是为了削弱、牵制申时行的权力。谁知，王锡爵入阁后很快便与申时行抱成一团，成为其最亲密的盟友。剩下的余有丁和王家屏势单力孤，只能依附于申时行、许国、王锡爵三人。

　　张四维当首辅时，追随张居正的改革派便受到反对派的诬陷，申时行上台后，改革派立即对其竭力巴结。申时行不太赞同张四维“非黑即白”的做法，但当他掌权后，又不得不沿用张四维的路子走，企图居中调和，务为宽大，并起用稳重守成的官员，缓和朝中矛盾。这便是为何要称他是“裱糊匠”的原因。

　　申时行这种“两边讨好”的做法，引起了御史言官的不满。

　　御史、给事中等言官借着申时行广开言路的机会，纷纷指斥张居正秉政时，遏阻言路，历数其罪行。申时行作为张居正的“心腹”之一，自也被言官们含沙射影。

　　一向性格宽厚的申时行亦被这帮人惹毛，后来实在忍无可忍，遂与言官们公开交锋，想方设法贬黜那些攻击张居正进而涉及到他自己的人。

　　万历十二年（1584年），御史张文熙上疏，历数之前阁臣专恣自断的四种表现：各部各院都设《考成簿》，记录官吏功过，送内阁考察升降；吏部、兵部挂选官员，都得经内阁认同；督抚巡按办事，无不密谒内阁大臣请教；内阁首辅奉诏拟旨，独自行事。

　　申时行急忙上疏论争，对前三条，他认为是内阁的职权范围许可的，内阁中有徇私舞弊的可罢黜，但若因有一二个阁臣徇私舞弊就把内阁的职权削弱，未免因噎废食。对最后一条，他说内阁首辅奉诏拟旨，曾无专断之举，都同内阁其他大臣商议。万历帝觉得申时行讲得有理，遂绌张文熙之议不用。

　　这一次试探，并未使言官们就此罢休。

　　紧接着，御史丁此吕上疏揭发礼部侍郎高启愚主持南直隶乡试时，出题《舜亦以命禹》，是想劝进张居正当皇帝。万历帝将他的奏疏批示申时行处理。申时行言：“丁此吕以这种暖昧问题陷人于死罪，臣恐谗言接

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